Дом на 6-й линии приносил хороший доход, и воодушевленные успехом, Ковалевские купили большой земельный участок на 9-й линии. В 1878-1879 годах по проекту архитектора П. Ю. Сюзора возвели пятиэтажный доходный дом (9 линия, 16), а во дворе бани. Стройка не дала желаемой прибыли, а лишь разорила владельцев. Впоследствии участок пришлось продать. (До нашего времени бани, именовавшиеся «Андреевскими», не сохранились). Удар был ужасным, но Софья Васильевна перенесла его стойко. Переехав с мужем в Москву, она вернулась в науку. Дом на 6-й линии перешел ее сестре Анне Жаклар.

После самоубийства мужа в 1883 году уехала с дочерью в Берлин, а затем получила предложение занять место профессора математики в Стокгольме. Она первой в мире среди женщин стала профессором математики. В 1889 году удостоилась звания иностранного члена-корреспондента Российской Академии наук.